除菌過濾器濾芯的消毒必須使用干燥飽和的高溫蒸汽消毒，且不要使用過熱的蒸汽，蒸汽必須潔凈無顆粒無污染，建議使用不銹鋼預過濾器。  

同其它消毒方法相比，高溫蒸汽消毒的優(yōu)點在于可以同時對整個過濾器系統(tǒng)中的任何部位進行消毒處理。而采用此方法的缺點在于消毒過程中會使濾芯同時承受熱應力和機械應力。  

除菌過濾器濾芯的消毒過程需要在121°C溫度下保持30分鐘，這樣可以殺死活動微生物。蒸汽的溫度和保持時間必須達到要求，以便能夠確保消毒完全。消毒過程必須采用純凈、飽和的高溫蒸汽（通過過濾使其精度達到1μm）；而且消毒過程中必須始終保持蒸汽的飽和性。壓力不能過大，以免除菌過濾器濾芯受到巨大壓力導致濾芯損壞。每一個濾芯使用之前都應進行消毒處理，另外，除菌過濾器的濾芯必須完整，運輸和貯存時都需要有完整的包裝保護，而且要保存在潔凈干燥的環(huán)境中，以免濾芯收到污染。  

除菌過濾器濾芯的消毒周期:  

壓力為1.1bar，溫度為100°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用120次；  

壓力為2.0bar，溫度為121°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用100次；  

壓力為4.0bar，溫度為138°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用50次；